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DrugScore


DrugScore ist eine wissensbasierte Scoringfunktion zur Bewertung von Protein-Ligand Wechselwirkungen. Neben dem Scoring von Protein-Ligand Komplexen kann es auch zur "Hot Spots Analyse", sowie zum Generieren von AFMoC Feldern für 3D-QSAR und Target-spezifisches Scoring verwendet werden.

DrugScorePDB basiert auf Potentialen, die von Protein-Ligand Komplexen aus der PDB abgeleitet sind. DrugScoreCSD hingegen basiert auf Kleinmolekül-Kristallstrukturen aus der CSD. Der Unterschied zwischen den beiden Versionen besteht also ausschliesslich in der Form der verwendeten Potentiale.

Die Funktion des Scorings kann in dem Web-Frontend DrugScoreOnline getestet werden. Hier sind auch Informationen zur Methodik des Programms verfügbar. Für Interessenten aus dem akademischen Bereich kann eine freie Version von DrugScorePDB zur Verfügung gestellt werden. Hierzu laden sie bitte zunächst die unten verlinkte Lizenzvereinbarung herunter und senden sie, vollständig ausgefüllt und mit der Unterschrift vom Leiter ihrer Arbeitsgruppe, an folgende Adresse:

Prof. G. Klebe

Wenn sie ebenfalls an der CSD-Version interessiert sind, müssen sie zunächst eine Lizenzvereinbarung mit dem "Cambridge Crystallographic Data Centre" (CCDC) treffen. Füllen sie das ebenfalls untenstehend verlinkte Formular aus und senden sie es an den CCDC Business Director Dr. Steve Salisbury. Im Allgemeinen erhalten nur Institutionen Zugriff auf DrugScoreCSD, die selbst im Besitz einer aktuellen CSD-Lizenz sind. Senden sie dann die unterzeichnete Kopie der Lizenzvereinbarung mit dem CCDC, sowie die entsprechende Lizenzvereinbarung für DrugScoreCSD an die obenstehende email-Adresse. Interessenten aus nicht-akademischen Arbeitsgruppen sollten eine Anfrage direkt an Prof. Klebe richten.

Das Programm kann in der Version 1.2 heruntergeladen werden. Es werden zwei verschiedene Pakete bereitgestellt, eines mit der auf PDB-Potentialen beruhenden Version und eines mit den CSD-Potentialen. Jedes Paket enthält ausführbare Dateien für IRIX- und Linux-Systeme, sowie ein MiniHowTo, Beispieldateien und eine Datei "0README" mit weiteren Instruktionen.

Sie müssen registriert sein, um die Lizenzvereinbarungen herunterladen zu können!


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